【基因学苑】生物信息培训VIP课程 – 2022 – 带源码课件

课程信息

从该系列课程中精选一些生物信息分析中的常用技巧每一节课程很短，展示一个小技巧。

课程目录

├── 01生物信息入门
│   └── 01生物信息入门.mp4 325.89M
├── 02Linux基础
│   ├── 02Linux介绍.mp4 568.72M
│   ├── 03Linux基础.mp4 682.51M
│   ├── 04目录结构.mp4 1082.22M
│   ├── 05文件操作1.mp4 811.74M
│   ├── 06文件操作2.mp4 1343.31M
│   ├── 07编辑脚本.mp4 1157.84M
│   └── 08权限和任务管理.mp4 889.02M
├── 03生物软件及数据库
│   ├── 09生物软件简介.mp4 332.99M
│   ├── 10安装已编译软件.mp4 679.01M
│   ├── 11源代码编译.mp4 1267.55M
│   ├── 12环境配置.mp4 184.81M
│   ├── 13bioconda.mp4 256.25M
│   ├── 14腾讯云安装软件.mp4 590.04M
│   ├── 15虚拟环境.mp4 524.03M
│   └── 16生物数据库管理.mp4 441.69M
├── 04illumina测序原理及数据处理
│   ├── 17测序数据下载.mp4 667.07M
│   ├── 18了解测序这件事.mp4 405.66M
│   ├── 19illumina测序原理之建库.mp4 258.61M
│   ├── 20illumina测序原理之测序.mp4 464.22M
│   ├── 21fastq文件介绍.mp4 95.49M
│   ├── 22fastq文件处理.mp4 753.34M
│   └── 23数据质控和过滤.mp4 1027.61M
├── 05pacbio测序原理及数据处理
│   ├── 24pacbio测序原理.mp4 367.50M
│   └── 25pacbio数据处理.mp4 235.48M
├── 06nanopore测序原理及数据处理
│   ├── 26nanopore测序原理.mp4 554.31M
│   ├── 27碱基识别.mp4 310.32M
│   └── 28nanopore数据处理.mp4 382.28M
├── 07解决软件报错
│   └── 29解决软件报错.mp4 696.19M
├── 08新冠病毒数据分析
│   ├── 30新冠病毒测序.mp4 428.35M
│   ├── 31下载新冠病毒基因组序列.mp4 353.68M
│   ├── 32下载新冠分析数据库.mp4 778.19M
│   ├── 33新冠病毒快速鉴定.mp4 396.77M
│   ├── 34新冠参考基因组拼接.mp4 350.68M
│   ├── 35新冠病毒拼接结果验证.mp4 422.28M
│   ├── 36拼接新冠病毒基因组.mp4 109.92M
│   └── 37ArticNetWork流程.mp4 410.93M
├── 09构建系统发育树
│   ├── 38构建系统发育树.mp4 395.85M
│   ├── 39iTol美化系统发育树.mp4 251.57M
│   └── 40变种病毒识别.mp4 70.12M
├── 11拼接结果统计及评估
│   ├── 46fasta格式文件介绍与处理.mp4 206.09M
│   ├── 47quast评估.mp4 173.69M
│   ├── 48busco评估.mp4 104.55M
│   └── 49tablet以及bandage评估.mp4 476.56M
├── 12基因组拼接探索
│   ├── 50基因组拼接探索.mp4 287.10M
│   └── 51混合拼接.mp4 436.16M
├── 14基因组序列分析
│   ├── 56原核生物基因预测.mp4 491.14M
│   ├── 57真核生物基因预测.mp4 251.43M
│   ├── 58基因功能注释.mp4 274.25M
│   ├── 59ncRNA分析.mp4 229.23M
│   └── 60重复序列分析.mp4 197.72M
├── 15序列比对
│   ├── 61blast比对.mp4 216.82M
│   ├── 62blast使用案例.mp4 693.37M
│   └── 63全局比对.mp4 333.78M
├── 16共线性分析
│   ├── 64共线性分析.mp4 310.01M
│   └── 65MCScanX共线性分析.mp4 216.61M
├── 17基因家族分析
│   └── 66基因家族分析.mp4 608.01M
├── 18测序数据比对
│   ├── 67测序数据比对.mp4 291.02M
│   ├── 68段序列比对练习.mp4 207.85M
│   ├── 69长读长序列比对.mp4 204.44M
│   └── 70多重比对问题如何处理.mp4 68.82M
├── 19sam和bam文件处理
│   ├── 71sam和bam格式文件介绍.mp4 135.68M
│   ├── 72sam和bam处理案例（上）.mp4 293.57M
│   └── 73sam和bam处理案例（下）.mp4 195.84M
├── 20Linux高级操作
│   ├── 74生物信息常用文件格式.mp4 166.94M
│   ├── 75正则表达式.mp4 139.20M
│   ├── 76文件搜索.mp4 408.35M
│   ├── 77文本筛选grep.mp4 392.63M
│   └── 78文本编辑.mp4 297.28M
├── 21表格处理
│   ├── 79cut-sort-uniq.mp4 194.60M
│   ├── 80表格处理awk.mp4 241.65M
│   ├── 81bioawk.mp4 52.84M
│   ├── 82csvtk.mp4 99.86M
│   └── 83datamash.mp4 142.32M
├── 22shell编程
│   ├── 84shell变量.mp4 133.08M
│   ├── 85shell循环.mp4 183.02M
│   └── 86shell判断.mp4 54.58M
├── 23生物信息分析服务器简介
│   ├── 87服务器简介.mp4 109.41M
│   ├── 88硬件选购.mp4 168.06M
│   ├── 89安装操作系统.mp4 139.60M
│   ├── 90选择RAID.mp4 122.04M
│   ├── 91设置云服务器.mp4 114.58M
│   ├── 92yum工具.mp4 222.74M
│   └── 93磁盘操作.mp4 107.84M
├── 24生物信息分析平台搭建
│   ├── 94基础环境配置.mp4 296.75M
│   ├── 95升级centos-stream.mp4 96.32M
│   ├── 96重置服务器练习.mp4 184.24M
│   ├── 97用户管理.mp4 303.28M
│   ├── 98配置生物软件.mp4 239.72M
│   ├── 99配置生物数据库.mp4 86.35M
│   ├── 100配置R语言分析环境.mp4 195.10M
│   └── 101安装网络应用.mp4 78.08M
├── 25ubuntu系统配置
│   ├── 102ubuntu系统配置.mp4 156.22M
│   └── 103虚拟机安装ubuntu.mp4 56.58M
├── 26R语言基础入门
│   ├── 104R语言简介.mp4 98.54M
│   ├── 105R语言以及Rstudio安装.mp4 128.98M
│   ├── 106rstudio设置.mp4 238.76M
│   ├── 107开始使用R.mp4 311.41M
│   ├── 108R环境设置.mp4 186.37M
│   ├── 109R包管理.mp4 398.24M
│   └── 110文件操作.mp4 295.31M
├── 27R数据结构
│   ├── 111向量.mp4 150.78M
│   ├── 112向量索引.mp4 294.30M
│   ├── 113矩阵.mp4 126.21M
│   ├── 114数据框.mp4 422.41M
│   └── 115因子列表缺失数据.mp4 270.18M
├── 28R数据处理
│   ├── 116数据处理.mp4 267.12M
│   ├── 117数据转换.mp4 447.32M
│   ├── 118随机抽样以及数据探索.mp4 380.76M
│   ├── 119分组计算以及数据透视表.mp4 298.20M
│   ├── 120tidyverse.mp4 300.81M
│   └── 121dplyr数据处理.mp4 383.60M
├── 29R统计检验
│   ├── 122独立性卡方检验.mp4 219.38M
│   ├── 123独立性t检验.mp4 461.95M
│   └── 124相关性检验.mp4 98.41M
├── 30R统计建模
│   ├── 125统计建模.mp4 291.77M
│   ├── 126购物篮分析.mp4 270.01M
│   └── 127机器学习预测乳腺癌.mp4 290.96M
├── 31R基础绘图
│   ├── 128R语言技巧.mp4 140.61M
│   ├── 129R基础绘图.mp4 246.87M
│   ├── 130直方图.mp4 490.47M
│   ├── 131饼图以及扇形图.mp4 101.00M
│   ├── 132条形图以及分组条形图.mp4 231.87M
│   ├── 133箱线图以及小提琴图.mp4 145.77M
│   ├── 134韦恩图.mp4 225.60M
│   └── 135绘图布局.mp4 181.97M
├── 32ggplot2绘图
│   ├── 136ggplot2绘图.mp4 153.84M
│   ├── 137ggplot2散点图直方图条形图.mp4 363.93M
│   ├── 138ggplot2分组条形图以及箱线图.mp4 512.19M
│   ├── 139ggplot2小提琴图以及主题设置.mp4 245.77M
│   ├── 140ggplot2扩展.mp4 507.47M
│   └── 141科学文献绘图.mp4 535.59M
├── 33基因表达调控简介
│   ├── 142基因表达调控.mp4 191.25M
│   ├── 143GEO数据库简介.mp4 231.89M
│   └── 144关于基因的概念.mp4 75.72M
├── 34RNAseq概述
│   ├── 145RNAseq简介.mp4 208.82M
│   ├── 146RNAseq原理.mp4 208.44M
│   ├── 147RNAseq建库方法.mp4 182.15M
│   ├── 148RNAseq不同测序平台比较.mp4 159.27M
│   └── 149RNAseq定量方法.mp4 278.43M
├── 35RNAseq分析
│   ├── 150RNAseq分析环境搭建.mp4 65.88M
│   ├── 151Bioconductor.mp4 245.71M
│   ├── 152下载参考序列.mp4 492.71M
│   ├── 153下载练习数据.mp4 326.77M
│   ├── 154数据质控过滤.mp4 425.05M
│   ├── 155hisat2建立索引.mp4 142.87M
│   ├── 156hisat2比对.mp4 240.31M
│   ├── 157featureCounts计数.mp4 131.42M
│   ├── 158STAR比对.mp4 163.17M
│   └── 159HTSeq-count计数.mp4 159.83M
├── 36利用R分析RNAseq数据
│   ├── 160DESeq2分析RNAseq数据.mp4 411.71M
│   ├── 161DESeq2练习.mp4 117.10M
│   ├── 162edgeR分析RNAseq数据.mp4 391.21M
│   └── 163edgeR练习.mp4 272.10M
├── 37差异表达基因注释以及富集分析
│   ├── 164差异表达基因功能注释.mp4 336.19M
│   ├── 165富集分析.mp4 386.10M
│   ├── 166注释富集练习.mp4 151.10M
│   ├── 167非模式生物注释富集.mp4 195.19M
│   └── 168GSEA分析.mp4 584.03M
├── 38单细胞测序概述
│   ├── 169单细胞测序概述.mp4 295.76M
│   ├── 170单细胞测序原理.mp4 291.58M
│   └── 171_10xgenomics资源以及常见问题.mp4 185.68M
├── 39单细胞测序数据分析
│   ├── 172单细胞分析环境搭建.mp4 307.20M
│   ├── 173利用cellranger分析单细胞数据.mp4 370.85M
│   ├── 174结果解读.mp4 195.20M
│   ├── 175LoupeBrowser.mp4 97.35M
│   └── 176_10x练习数据.mp4 140.00M
├── 40利用Seurat分析单细胞数据
│   ├── 177安装Seurat.mp4 285.38M
│   ├── 178Seurat读取数据.mp4 137.62M
│   ├── 179质控过滤以及标准化.mp4 184.39M
│   ├── 180聚类.mp4 241.50M
│   ├── 181细胞亚群分类.mp4 326.46M
│   ├── 182寻找marker基因以及细胞鉴定.mp4 442.69M
│   └── 183Seurat练习.mp4 388.98M
├── 43空间转录组
│   └── 192空间转录组.mp4 117.40M
├── 44宏基因组简介
│   ├── 193宏基因组简介.mp4 388.23M
│   └── 194宏基因组建库测序.mp4 140.63M
├── 45宏基因组分析环境搭建
│   ├── 195宏基因组分析环境搭建.mp4 216.17M
│   └── 196国内镜像下载宏基因组数据库.mp4 148.87M
├── 47临床病原微生物检测
│   ├── 203临床样本病原微生物检测.mp4 241.81M
│   └── 204批量进行致病菌鉴定.mp4 237.44M
├── 49宏基因组分析结果可视化
│   ├── 210megan物种分类结果可视化.mp4 321.17M
│   └── 211stamp分组比较.mp4 241.72M
├── 52宏基因组功能分析
│   ├── 218宏基因组基因预测.mp4 285.85M
│   ├── 219cdhit去冗余.mp4 215.29M
│   ├── 220宏基因组基因功能注释.mp4 203.61M
│   └── 221宏基因组定量分析.mp4 247.76M
├── 53metawrap分箱
│   ├── 222metawrap分箱.mp4 182.90M
│   ├── 223metawrap配置.mp4 304.89M
│   └── 224metawrap案例.mp4 260.93M
├── 54扩增子分析简介
│   ├── 225扩增子测序简介.mp4 314.66M
│   ├── 226OTU还是ASV？.mp4 129.86M
│   ├── 227alpha和beta多样性.mp4 208.72M
│   ├── 228.16S分析环境搭建.mp4 376.98M
│   ├── 229metadata.mp4 56.07M
│   └── 230探索16S序列.mp4 159.31M
├── 55利用qime2分析16S数据
│   ├── 231qiime2简介.mp4 224.19M
│   ├── 232qiime2导入数据.mp4 472.82M
│   ├── 233qiime2实战.mp4 432.30M
│   ├── 234多样性分析.mp4 359.43M
│   ├── 235物种分类鉴定及可视化.mp4 223.45M
│   └── 236不同组间丰度差异比较.mp4 218.83M
├── 56利用R分析16S数据
│   ├── 237拆分barcode.mp4 145.84M
│   ├── 238利用dada2处理16S数据.mp4 471.17M
│   ├── 239dada2物种分类鉴定.mp4 269.36M
│   ├── 240dada2练习案例.mp4 204.37M
│   ├── 241利用phyloseq可视化结果.mp4 198.24M
│   └── 242.16S功能分析.mp4 145.82M
├── 57人基因变异检测
│   ├── 243人基因组分析简介.mp4 204.58M
│   ├── 244全基因组与外显子和panel测序.mp4 116.58M
│   ├── 245参考序列的影响.mp4 86.87M
│   └── 246拼接与reads比对方法比较.mp4 160.55M
├── 58人基因组数据分析环境搭建
│   ├── 247人基因组分析环境搭建.mp4 416.01M
│   └── 248瓶中基因组.mp4 130.94M
├── 61igv变异可视化
│   └── 260igv变异可视化.mp4 178.96M
├── 10二代基因组拼接
│   ├── 41了解基因组拼接.mp4 157.64M
│   ├── 42基因组拼接原理.mp4 77.06M
│   ├── 43kmer估计基因组大小.mp4 270.60M
│   ├── 44二代测序拼接算法.mp4 68.38M
│   └── 45二代测序拼接实战.mp4 236.82M
├── 13三代测序基因组拼接
│   ├── 52pacbio及nanopore基因组拼接.mp4 651.18M
│   ├── 53组装结果纠错.mp4 421.62M
│   ├── 54细菌完成图.mp4 434.14M
│   └── 55不同物种拼接练习.mp4 290.75M
├── 46三代nanopore测序宏基因组数据分析
│   ├── 197物种分类原理.mp4 127.04M
│   ├── 198centrifuge安装.mp4 218.87M
│   ├── 199centrifuge数据库.mp4 156.53M
│   ├── 201pavian结果可视化.mp4 227.17M
│   ├── 202物种分类练习.mp4 232.66M
│   └── 200三代测序宏基因组物种分类鉴定.mp4 391.57M
├── 48二代宏基因组测序数据分析
│   ├── 207kneaddata质控.mp4 244.20M
│   ├── 208metaphlan物种分类.mp4 298.17M
│   ├── 209humann功能分析.mp4 145.65M
│   ├── 205二代宏基因组分析软件安装.mp4 251.70M
│   └── 206二代宏基因组分析数据库下载.mp4 535.19M
├── 50二代宏基因组拼接
│   ├── 212二代宏基因组模拟数据拼接.mp4 282.89M
│   └── 213二代宏基因组真实数据拼接.mp4 424.65M
├── 51三代纳米孔宏基因组拼接
│   ├── 215nanopore模拟数据拼接.mp4 509.61M
│   ├── 216nanopore宏基因组真实数据拼接.mp4 285.34M
│   ├── 217纳米孔组装纠错.mp4 287.53M
│   └── 214三代纳米孔宏基因组拼接.mp4 227.01M
├── 59二代测序变异检测
│   ├── 249gatk简介.mp4 144.75M
│   ├── 250变异检测原理.mp4 90.91M
│   ├── 251生成bam.mp4 422.62M
│   ├── 252bam文件处理.mp4 512.93M
│   ├── 253gatk变异检测.mp4 419.13M
│   ├── 254外显子与panel数据分析.mp4 244.86M
│   ├── 255vcf文件.mp4 657.06M
│   └── 256snp注释.mp4 508.61M
├── 60三代纳米孔变异检测
│   ├── 257纳米孔测序变异检测原理.mp4 88.53M
│   ├── 258纳米孔数据比对.mp4 93.72M
│   └── 259纳米孔测序SNP与SV检测.mp4 368.46M
└── 课件.zip 617.56M